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上海交通大学博士生导师简介--生命科学技术学院(080)生物医学工程(083100)
52考博    2011年7月4日 08:42 【

柴新禹

导师姓名

柴新禹
研究方向 生物医学电子学;神经工程
联系方式
通讯地址:东川路800生命学院
邮政编码:200240
联系电话:021-34204077
Email:xychai@sjtu.edu.cn
个人简介
柴新禹,上海交通大学教授,博士生导师。1963年12月生。1998年12月于西安交通大学获得博士学位,1999年4月至2001年4月在上海交通大学从事博士后工作,2001年4月至今在上海交通大学生命科学技术学院生物医学工程系工作。作为项目负责人先后承担了多项国家纵向和企业横向研究课题,包括国家973计划子课题、国家科技支撑计划世博科技专项、国家863计划、国家自然科学基金、中国博士后科学基金、国防预研项目等,作为主要成员还参与了高等学校学科创新引智计划(111计划)、上海市科技攻关计划等。在国内外学术刊物及国际会议上发表论文近100篇,SCI/EI收录40余篇,申请国家发明专利10余项(授权5项)。荣获省部级科技奖2项,国际ARVO、SPIE会员,Artificial Organs审稿人,Interdisciplinary Sciences编委,参与撰写国际学术专著2部。 
代表性论著
1. Ying Zhao, Yanyu Lu, Ji Zhao, Kaihu Wang, Qiushi Ren, Xinyu Chai*, Reading Pixelated Paragraphs of Chinese Characters using Simulated Prosthetic Vision. IOVS, 5, 2011.accepted
2. Ying Zhao, Yanyu Lu, Chuanqing Zhou, Yao Chen, Qiushi Ren, Xinyu Chai*, Chinese character recognition using simulated phosphene maps. IOVS, 52:1-9, 2011. In press (DOI:10.1167/iovs.09-4234)
3. Yanyu Lu, Panpan Chen, Ying Zhao, Jingru Shi, Qiushi Ren, Xinyu Chai*, Estimation of simulated phosphene size based on tactile perception. Artificial Organs, 4, 2011. in press. (DOI:10.1111/j.1525-1594.2011.01288.x)
4. Yanyu Lu, Jin Fan, Chunaqing Zhou, Ying Zhao, Jing Wang, Chen Tao, Qiushi Ren, Xinyu Chai*. Estimating the position of simulated phosphenes using a tactile guide. Seeing and Perceiving, 24(2):125-140, 2011.( DOI:10.1163/187847511X570088)
5. Jingjing Sun, Yiliang Lu, Pengjia Cao, Xiaoliang Li, Changsi Cai, Xinyu Chai, Qiushi Ren, and Liming Li, Spatiotemporal Properties of Multi-peaked Electrically Evoked Potentials Elicited by Penetrative Optic Nerve Stimulation in Rabbits. IOVS, 52(1): 146-154, 2011.(DOI: 10.1167/iovs.09-4024)
6. Chuanqing Zhou, Chen Tao, Xinyu Chai, Yong Sun, Qiushi Ren. Implantable Imaging System for Visual Prosthesis. Artificial Organs, 34(6): 518–522, 2010. (DOI: 10.1111/j.1525-1594. 2009.00915.x)
7. Ying Zhao, Yanyu Lu, Yukun Tian, Liming Li, Qiushi Ren, Xinyu Chai*, Image Processing Based Recognition of Images with a Limited Number of Pixels Using Simulated Prosthetic Vision. Information Sciences, 180(16): 2915-2924, 2010.( DOI:10.1016/j.ins.2010.04.021)
8.  Kun Yang and, Chuanqing Zhou, Jiaming Chen,Wenjie Li, Leilei Zhang, Qiushi Ren, Xinyu Chai*. Recognition of Chinese Characters with a Limited Number of Pixels Using Simulated Prosthestic Vision Based on Complexity Analysis. Artificial Organs, 34(1): 28-36, 2010. (DOI: 10.1111/j.1525-1594.2009.00778.x)
9. Leilei Zhang, Xinyu Chai, Shu Ling, Jin Fan, Kun Yang, Qiushi Ren. Dispersion and Accuracy of Simulated Phosphene Positioning Using Tactile Board. Artificial Organs, 33(12): 1109-1116, 2009. (DOI: 10.1111/j.1525-1594.2009.00826.x)
10. Xinyu Chai, Liming Li, Kaijie Wu, Xiaohong Sui, Jinhai Niu, Chuanqing Zhou, Pengjia Cao, Qiushi Ren. C-Sight Visual Prostheses for the Blind. IEEE Engineering in Medicine and Biology Magazine, 27(5): 20-28, 2008. (10.1109/MEMB.2008.923959)
 
陈垚

导师姓名

陈垚
研究方向 神经医学工程;认知神经生物学
联系方式
通讯地址:上海浦东御桥路288弄5号602
邮政编码:201203
联系电话:15000963013
Email:yao.chen@sjtu.edu.cn
个人简介
陈垚,博士,研究员: 1996年获北京大学授予的生命科学学院生理及生物物理学专业理学学士学位,1996年7月至2001年7月在中国科学院生物物理所视觉信息加工开放实验室硕博连读,于2001年7月获生物物理学博士学位。博士期间得到国际脑研究组织(IBRO)资助,在香港参加了为期两周的国际脑功能研究班。博士毕业后,先在纽约西奈山医学院研究大脑内源性光信号与电生理活动的关系,之后到纽约州立大学眼科分校利用清醒猴研究视觉注意的神经机制。陈垚博士于1995年开始从事神经生物学、神经电生理学基础研究,2003年开始以清醒猴为实验对象结合心理物理学手段进行大脑认知方面的研究。他的主要研究方向是:大脑视觉功能的神经机制,即大脑是如何加工处理视觉信息的,同时探索研究大脑功能的新方法、新手段,并希望对大脑的认识能用于视觉功能修复等有重大意义的医学工程问题上。
代表性论著
1. Chen, Y., Anand, S., Martinez-Conde S., Macknik, S.L., Bereshpolova Y., Swadlow H.A. & Alonso, J. -M. (2009) The linearity and selectivity of neuronal responses in awake visual cortex. Journal of Vision, 9(9): 12, 1-17. 

2. Alonso, J. -M. & Chen, Y. (2009) Receptive field. Scholarpedia, 4(1), 5393.

3. Chen, Y., Martinez-Conde S., Macknik, S.L., Bereshpolova Y., Swadlow H.A.& Alonso, J. -M. (2008)
Task difficulty modulates the activity of specific neuronal populations in primary visual cortex. Nature Neuroscience, 11, 974-982. (Cover paper and previewed by Dr. John H. Reynolds in the same issue, pages 861-862) 

4. Li, B.W., Li, B., Chen, Y., & Diao, Y.C. (2003) Response properties of cat striate cortex to simulated optic flow stimuli. Neuroscience Research Communications, 32(3), 197-210. 

5. Chen, Y., Li, B.W., Li, B., & Diao, Y.C. (2001) Directional tunings independent of orientation in the primary visual cortex of the cat. Science in China (Series C), 44(5), 513-523. 

6. Li, B. *, Chen, Y. *, Li, B.W., Wang, L.H., & Diao, Y.C. (2001) Pattern motion and component motion selectivity in cortical area PMLS of cat: variable with orientation element in visual stimulus. European Journal of Neuroscience, 14(3), 690-700. (*Authors contributed equally) 

7. Li, B., Li, B.W., Chen, Y., Wang, L.H., & Diao, Y.C. (2000) Response properties of PMLS and PLLS neurons to simulated optic flow patterns. European Journal of Neuroscience, 12(5), 1534-1544. 
 
陈亚珠

导师姓名

陈亚珠
研究方向 医学超声治疗;诊疗一体化
联系方式
通讯地址:上海交大浩然大厦0818室
邮政编码:200030
联系电话:021-62933209
Email:yazhuchen@sjtu.edu.cn
个人简介
陈亚珠,教授、中国工程院院士,女,汉族,现任上海交通大学生物医学仪器研究所所长。曾荣获国家科技进步一等奖、国家科技进步三等奖以及多项省、部级科技进步奖。她早期从事高电压技术,在过电压防雷保护等领域作了大量研究工作,成绩卓著。八十年代中期,她步入工学、医学交叉的边缘学科,从事无创伤性医疗器械的研究和开发。1987年率先成功地突破“液电冲击波体外粉碎肾结石技术”,为成千上万的肾结石患者解除了病痛,取得了极大的社会效益和经济效益。近几年来,她坚持与时俱进,以物理治疗技术为研究方向,重点研究肿瘤治疗设备的关键技术,开发新颖高效的肿瘤治疗设备。不仅培养了众多的硕士、博士及博士后,而且取得了一系列研发成果,已申请发明专利18项,新型实用专利8项。她亲自领衔的研究所与国内外企业广泛合作,建立了产学研共同体,并有多个项目进行技术转让,开始产业化进程,即将临床应用。她组建了生物医学工程国家重点学科、博士后流动站,为构筑生物医学工程人才高地、培养一支高水平的科学技术队伍作出了卓越贡献。
代表性论著
null
 
惠春

导师姓名

惠春
研究方向 早期康复技术与可视化医疗设备 ;医学光声信息与可视化诊疗仪器
联系方式
通讯地址:上海市华山路1954号
邮政编码:200030
联系电话:021-62932631
Email:chhui@sjtu.edu.cn
个人简介
惠春,男,1955年2月生,籍贯陕西三原,工学博士,上海交通大学生命科学技术学院生物医学工程系,生物医学仪器研究所 教授,博士生导师,兼任生物医学仪器研究所副所长,《医学超声诊治一体化技术研发中心》主任。中国电子学会生物传感技术分会委员,中国电子学会信息产业发展战略分会理事,中国医疗装备学会教育分会理事兼副秘书长,多家学术期刊的编委,国家、地方科研项目评审专家。
主要研究方向: (1)早期康复技术与可视化医疗设备;(2)医学光声信息与可视化诊疗仪器。 惠春教授曾长期从事纳米压电材料、纳米生物信息材料、生物微传感器与信号处理电路软件硬件设计及其医学应用的研究与工程化工作。曾提出的《新型铁电移相器及在相控阵雷达天线应用基础研究》等课题获得国防预研基金计划、国家十五重点科技攻关计划、国家自然科学基金计划资助。1995年以来开展了生物分子电子学与医疗仪器领域的研究工作,提出了红外光物理因子与中药因子协同作用于人体方法,发明了红外-中药治疗仪,商品名称《人体抗衰老治疗仪》,并获得医疗器械生产许可证;2003年,在生物细胞信息获取关键技术、细胞芯片电子传感系统与重大疾病早期诊疗方面已经取得重要进展,提出的《生物纳米技术俘获癌细胞方法、微传感器与肺癌早期诊断装置研究》等三项课题获得国家和上海市政府资助;2005年提出的《生物柔性微电极芯片与神经信息获取方法研究》课题计划获得973子课题的资助;目前正在开展生物阵列传感芯片与多通道生物细胞传感测量及早期肺癌诊断系统、新颖医学光声一体化诊疗系统研究、早期康复技术与可视化医疗设备研究;微小尺度下聚焦超声阵列换能器研究开发、高频超声效应及图像表征研究;可视化小型化V-HIFU产品研究开发项目正在产业化生产;立足通过与企业共建研发平台,培养高层次人才,并将技术成果产业化。在核心期刊和国际会议上发表有关论文30多篇,申请新型光声可视化治疗技术、早期康复医疗技术、生物超声芯片传感器等国家发明5项,授权国家发明专利3项。2003年与美国知名学者共同主编《Electron Microscopy of Nanotubes》书一部在美国出版,合作撰写的《半导体集成电路技术基础》一书已经于2006年由教育出版社出版。惠春教授十分重视学生创新能力、管理能力的训练,以及综合素质教育,与上海交通大学安泰经济与管理学院合作承担了《中国医疗与装备事业高级管理人才MBA研修班》项目,2008年撰写的《勤学求道,厚德载物》论文发表在《中国素质教育研究》卷首页,倡导作为培养学生素质的准则。
招收具有医学、生物医学工程、仪器仪表、生物材料与生物传感、超声技术专业、熟悉软件与硬件技术背景的工程硕士生、研究生、博士生、进修生、博士后,要求学生具有先进技术集成创新的理念与能力。考试科目详见研究生招生简章。
代表性论著
null
 
李亦学

导师姓名

李亦学
研究方向 计算生物学;系统生物学
联系方式
通讯地址:钦州路100号1号楼12楼
邮政编码:200235
联系电话:13916378087
Email:yxli@sibs.ac.cn
个人简介
李亦学,男,1955年11月出生,博士,上海交通大学生命技术学院生物信息学与生物统计学系主任,教授,博士生导师,中科院上海生命科学研究院系统生物学重点实验室副主任,研究员,博士生导师,上海生物信息技术研究中心主任,现为国家“十一五”863 生物医药技术领域专家组专家,中科院“十一五”信息化专家组专家,国家自然科学基金委员会生命科学部自然科学基金专职评审专家,上海市公共研发服务平台建设专家委员会主任。曾任国家中长期发展规划第十五专题组副组长,上海市2002年科学预见专家,中国科学院计划局生命科学领域战略发展专家组专家,国家“十五” 863计划生物和农业技术领域生物信息技术主题专家组组长,国家科技部中英E-Science国际合作计划中方协调人。 
    1982年2月获新疆大学获物理学学士学位,1987年10月获新疆大学获理论物理学硕士学位,1996年10月获德国海德堡大学理论物理研究所理论物理博士学位。1996年11月至1997年3月在德国斯图加特大学数学系第三计算机应用研究所从事计算数学博士后研究。1997年4月至2000年6月在欧洲分子生物学实验室(EMBL)从事生物物理博士后研究。2000年7月回国到中科院上海生命科学研究院生物信息中心工作,任常务副主任,2002年任主任,2002年6月任上海生物信息技术研究中心主任,2006年12月任中科院系统生物学重点实验室副主任。
先后获教育部自然科学一等奖,排名第五;获上海市自然科学二等奖,排名第一;获得上海市科教兴市领军人才称号;获得上海市优秀学科带头人称号;上海市劳动模范;全国五一国际劳动奖章获得者;享受国务院特殊津贴。
    2000年回国后,承担了国家“九五”863计划生物技术领域《生物信息学数据库开发和建设》重大项目。作为首席科学家主持了中科院《生物信息学重大基础理论与应用》重大研究项目;承担国家973《重大疾病相关蛋白质组学生物信息学》子课题项目;主持了上海市科教兴市重大产业化“一网两库”项目,目前是国家基础科学研究计划蛋白质科学研究重大专项《模式生物和细胞等功能系统的系统生物学研究》专题项目首席科学家。德国Journal of Integrative Bioinformatics杂志编辑,英国BMC Bioinformatics杂志责任编辑,国内《科学通报》特邀编辑,生物物理和生物化学学报、中国生物工程杂志以及Genomics,Proteomics and Bioinformatics,THE OPEN PROTEOMICS JOURNAL 等杂志编委。
    共发表100余篇科学论文。 发表论文包括Science, Nature Genetics, Nature Biotechnology, PNAS, Molecular and Cellular Proteomics, Genome Biology, Oncogene, Molecular Systems Biology, Plos Computational Biology, Plos One, NAR, Bioinformatics,BMC Bioinfomatics, BMC Genomics, BBRC, FEBS Letter等。其中影响因子超过5的作为通讯作者的科研论文26篇。
    李亦学教授的研究兴趣覆盖了生物信息学、系统生物学研究的广泛领域,在比较基因组学、转录组学、蛋白质组学、系统建模、疾病生物标志物识别、蛋白质相互作用、基因调控网络构建等方面的研究都有很好的建树,回国九年来,培养了数十名优秀的硕士、博士研究生和博士后研究人员,不少学生目前都在国外著名的实验室和大学里工作,有的在国内重要科研单位、大学和世界500强大企业的研发中心工作,不少学生在他们的工作岗位上也取得了优异的科研成果。
代表性论著
1.Zhen Wang, Guohui Ding, Ludwig Geistlinger, Li Hong, Lei Liu, Rong Zeng*, Yoshio Tateno*, Yixue Li*. Evolution of protein phosphorylation for distinct functional modules in vertebrate genomes. 2010,On Oct. 18, online published by Molecular Biology and Evolution .通讯作者
2. Hong Li, Xiaobing Xing, Guohui Din proteomic g, Lu Xie*, Rong Zeng*, Yixue Li*, SysPTM - a systematic resource for research of post-translational modifications, Molecular and Cellular Proteomics. 2009, 8(8):1839-49.通讯作者
3. Ruo-Yu Luo, Hai-Bin Wei, Lin Ye, Kankan Wang, Lei Liu,Yuan-Yuan Li, Yi-Xue Li* and Yang Zhong*,Photosynthetic metabolism of C3 plants shows highly cooperative regulation to maintain function under changing environmental conditions: a systems biological analysis of robustness, Proc Natl Acad Sci USA. , 2009, vol. 106 no. 3 847-852. 共同通讯作者
4. Ruoyu Luo, Sha Liao, Guanyang Tao, Yuanyuan Li, Yixue Li*, Qingming Luo*. 2006, Dynamic analysis of optimality in myocardial metabolic network under normal and ischemic conditions, Molecular Systems Biology, 2:2006.0031.共同通讯作者
5. Pei Hao, …, Yixue Li*,Guoping Zhao*, 2005, Cross-host evolution of SARS coronavirus in palm civet and human, Proc Natl Acad Sci USA. 102(7),2430–2435. 共同通讯作者
 
梁培基

导师姓名

梁培基
研究方向 神经信息处理;视觉神经生物物理
联系方式
通讯地址:东川路800号 生物医学工程学院
邮政编码:200240
联系电话:021-34204015
Email:pjliang@sjtu.edu.cn
个人简介
1985年毕业于上海交通大学精密仪器系生物医学仪器专业,获工学学士。1988年毕业于上海交通大学精密仪器系,获工学硕士。1996年获牛津大学生理学博士。2002年进入上海交通大学工作。研究领域为(1)脊椎动物视网膜神经元信号传递的生物学机制及(2)神经信号传递的信息学研究,属神经生物学和信息科学的交叉学科研究。研究工作受到国家973项目、国家自然科学基金及上海市科学技术委员会重点项目等经费支持。近年来,基于国内实验室的工作,已有多篇论文发表在SCI收录杂志上,参与完成了数本专著/教科书的编写,并参与了第六版《辞海》的编撰工作。目前学术梯队成员来自于数学、电子学、生物医学工程学、生物学、临床医学等多种学科专业。欢迎具有数学、物理、信息科学、生物医学工程学、生物学、医学等相关专业的考生报考。
代表性论著
1. 梁培基,陈爱华 神经元活动的多电极同步记录及神经信息处理 北京工业大学出版社 2003年11月 第一版。
2. 顾凡及,梁培基 神经信息处理 北京工业大学出版社 2007年10月 第一版。
3. MN Levy, BA Stanton, BM Koeppen 编著,梅岩艾,梁培基 等译 生理学原理(第4版)中文版 高等教育出版社2008年7月 第一版。
4. G.-L. Wang, Y. Zhou, A.-H. Chen, P.-M. Zhang & P.-J. Liang. A robust system for automatic spike sorting with overlap de- composition. IEEE Trans. BME, 53(6): 1195-1198, 2006. 
5. X.-L. Wang, X. Jin & P.-J. Liang. Modeling the pre- and post-synaptic components involved in the synaptic modification between cones and horizontal cells in carp retina. Biol. Cyber., 96: 367-376, 2007.
6. X.-D. Jiang, X.-L. Wang, Y. Sun, H.-Q. Gong & P.-J. Liang. NMDA modulation of GABA transporter current in carp retinal horizontal cells. Brain Res., 1240: 105-110, 2008. 
7. Wei Jing, Wen-Zhong Liu, Xin-Wei Gong, Hai-Qing Gong & Pei-Ji Liang. Visual pattern recognition based on spatio- temporal patterns of retinal ganglion cells’ activities. Cognitive Neurodynamics, 4: 179-188, 2010.
8. Wen-Zhong Liu, Wei Jing, Hai-Qing Gong & Pei-Ji Liang. Spatial and temporal correlations of spike trains in frog retinal ganglion cells. J. Comp. Neurosci. 2010. DOI: 10.1007/ s10827-010-0277-9. 
 
骆建华

导师姓名

骆建华
研究方向 磁共振部分K数据成像;医学图像处理
联系方式
通讯地址:上海闵行莘朱路222弄24-401
邮政编码:201100
联系电话:021-34204963
Email:jhluo@sjtu.edu.cn
个人简介
骆建华教授、博士生导师。1995年获浙江大学生物医学博士学位。完成国家博士点科研基金项目1项,主持完成、l国家自然科学基金项目3项,在研国家自然科学基金项目1项,在研863重点项目1项,完成校基金项目2项, 完成校际合作基金项目1项。曾为澳大利亚新南威尔士大学高级访问学者,法国INSA里昂访问教授。与澳大利亚、法国、英国的同行有合作研究关系。目前主要从事磁共振图象重建理论和生物信息学的研究。有关成果发表在国际顶级杂志:IEEE Trans. On Image processing, IEEE Trans. On Medical Imaging, IEEE Trans. On Biomedical Engineering, IEEE Trans. On Nuclear Science上。
代表性论著
[1]. Luo, JH*; Li Wanqing; Zhu, YM, :Image Reconstruction from Limited-Angle Projections Based onδ-u Spectrum Analysis‏,   IEEE Trans. On Image Processing, VOL. 19, NO. 1, pp 131-140,2010
[2]. Luo, JH*; Zhu, YM,  Medical Image Denoising Using One-Dimensional Singularity Function Model, Computerized Medical Imaging and Graphics, Vol. 34, No. 2, pp 167-176, 2010
[3] Luo, JH*; Zhu, YM; Magnin, IE, Denoising by Averaging Reconstructed Images: Application to Magnetic Resonance Images , IEEE Trans. On Biomedical Engineering, vol. 56 no. 3 pp. 666-674, 2009 
[4] J.H. Luo; Zhu YM, Image Reconstruction Scheme Based on Phase Correction and Singularity Function Analysis Model, Journal of Signal Processing Systems, 2009, vol. 54, pp79:88
[5] J.H. Luo, Zhu YM,  Magnin, I, Phase correction-based singularity function analysis for partial k-space reconstruction, Magnetic Resonance Imaging, 2008, 26(6): 746-753
 
欧竑宇

导师姓名

欧竑宇
研究方向 生物信息学;微生物比较基因组学
联系方式
通讯地址:上海市华山路1954号上海交通大学科学馆213室
邮政编码:200030
联系电话:021-62933765*2132
Email:hyou@sjtu.edu.cn
个人简介
欧竑宇,男,1976年生,博士,微生物学副教授。现研究方向为微生物比较基因组学和生物信息学。1997年毕业于南京农业大学,获食品工程学士学位;2001年毕业于天津科技大学,获发酵工程硕士学位。2004年毕业于天津大学,获生物物理学博士学位。2004年至2006年,英国莱斯特大学博士后,细菌基因学。2006年6月起在上海交通大学生命科学技术学院/教育部微生物代谢重点实验室工作。近年来,已在Nucleic Acids Res., Mol. Microbiol., Bioinformatics, FEBS Letters, Int. J. Biochem. Cell Biol., J Mol. Diagn., PloS One 等国际生物学刊物发表SCI论文二十余篇, 累积影响因子超过八十点,至今他引已超过一百六十余次。现主持2项国家自然科学基金课题,已完成1项863计划课题。2007年获“上海市青年科技启明星”人才计划资助,2008年获明治乳业生命科学奖,2009年获上海交通大学晨星青年学者奖励计划SMC优秀青年教师 (A类)资助。
更多信息请参考 http://bioinfo-mml.sjtu.edu.cn/
代表性论著
(16) J. Zhang, J. Jurriaan van Aartsen, X. Jiang, Y. Shao, C. Tai, X. He, Z. Tan, Z. Deng, S. Jia*, K. Rajakumar and H.Y. Ou* (2011) Expansion of the known Klebsiella pneumoniae species gene pool by characterization of novel alien DNA islands integrated into tmRNA gene sites. Journal of Microbiological Methods, DOI:10.1016/j.mimet.2010.12.016 . 

(15) Y. Shao, E.M. Harrison, D. Bi, C. Tai, X. He, H.Y. Ou*, K. Rajakumar and Z. Deng (2011) TADB: a web-based resource for Type 2 toxin-antitoxin loci in Bacteria and Archaea. Nucleic Acids Research, 39, D606-D611. 

(14) G. Liu, H.Y. Ou, T. Wang, L. Li, H. Tan, X. Zhou, K. Rajakumar, Z. Deng and X. He (2010) Cleavage of Phosphothioated DNA and Methylated DNA by the Type IV Restriction Endonuclease ScoMcrA. PLoS Genetics, 6(12): e1001253.  

(13) Y. Shao, X. He, C. Tai, H.Y. Ou*, et al. (2010) mGenomeSubtractor: a web-based tool for parallel in silico subtractive hybridization analysis of multiple bacterial genomes. Nucleic Acids Res., doi:10.1093/nar/gkq326.

(12) H.Y. Ou* and K. Rajakumar* (2010) Book chapter: 'ArrayOme- & tRNAcc-facilitated mobilome discovery: comparative genomics approaches for identifying rich veins of bacterial novel DNA sequences', Handbook of Molecular Microbial Ecology I: Metagenomics and Complementary Approaches, Editor F. J. de Bruijn, John Wiley & Sons, Inc., in press. 

(11) N. Chen#, H.Y. Ou#, et al. (2010) The pheV phenylalanine tRNA gene in Klebsiella pneumoniae clinical isolates is an integration hotspot for possible niche-adaptation genomic islands. Current Microbiol, 60, 210-6.(# These authors contributed equally to this work.) 

(10) H.Y. Ou, et al. (2009) dndDB: a database focused on phosphorothioation of the DNA backbone. dndDB: a database focused on phosphorothioation of the DNA backbone. PLoS ONE, 4, e5132. 

(9) H.Y. Ou#, C.T.S. Ju#, et al. (2007). Translational Genomics to Develop a Salmonella enterica Serovar Paratyphi A Multiplex PCR Assay. Journal of Molecular Diagnostics, 2007, 9, 624-630. (# These authors contributed equally to this work.)  (Cover Figure and Comment in: J Mol Diagn. 2007, 9, 572-573.)

(8) H.Y. Ou, et al. (2007). MobilomeFINDER: web-based tools for in silico and experimental discovery of bacterial genomic islands. Nucleic Acids Res., 35, W97-W104.

(7) X. He, H.Y. Ou, et al. (2007). Analysis of a genomic island housing genes for DNA S-modification system in Streptomyces lividans 66 and its counterparts in other distantly related bacteria. Molecular Microbiology, 65, 1034-48.

(6) H.Y. Ou, et al. (2006). A novel strategy for identification of genomic islands by comparative analysis of the contents and contexts of tRNA sites in closely related bacteria. Nucleic Acids Res., 34, e3.

(5) H.Y. Ou , et al. (2005). ArrayOme: a program for estimating the sizes of the microarray-visualised genomes. Nucleic Acids Res. , 33, e3. 

(4) H.Y. Ou, et al. (2004). GS-Finder: a program to find bacterial gene start sites with a self-training method. Int. J. Biochem. Cell Biol. 36, 535-544.

(3) F.B. Guo, H.Y. Ou and C.T. Zhang (2003). ZCURVE: a new system for recognizing protein-coding genes in bacterial and archaeal genomes. Nucleic Acids Res. 31, 1780-1789.

(2) L.L. Chen#, H.Y. Ou#, et al. (2003). ZCURVE_CoV: a new system to recognize protein coding genes in coronavirus genomes, and its applications in analyzing SARS-CoV genomes. Biochem. Biophys. Res. Commun. 307, 382-388. (# These authors contributed equally to this work.) 

(1) H.Y. Ou, et al. (2003). Analysis of nucleotide distribution in the genome of Streptomyces coelicolor A3(2) using the Z curve method. FEBS Letters 540, 188-194.
 
任秋实

导师姓名

任秋实
研究方向 激光与光子生物医学;分子医学影像
联系方式
通讯地址:上海交通大学生物药学大楼2-423
邮政编码:200240
联系电话:021-34204080
Email:renqsh@sjtu.edu.cn
个人简介
任秋实,博士(1990年,美国俄亥俄州立大学),教育部长江学者特聘教授,博士生导师。上海交通大学激光与光子生物医学研究所所长,上海市激光医学重点实验室主任,国家重点基础计划973首席科学家, 国家杰出青年基金获得者, 德国海德堡大学客座教授。

任秋实博士1984年本科毕业于华中科技大学光学工程系,1985年9月公派留学美国俄亥俄州立大学电机工程系,先后于1987获硕士学位,1990年获博士学位。1989年6月- 1990年2月在美国哈佛大学医学院附属麻省总医院Wellman Laboratories of Photomedicine和麻省眼耳医院眼科激光中心任研究助理,从事视觉光学、激光与眼组织相互作用的机理研究。1990年至1994年,任美国佛罗里达州迈阿密大学生物医学工程系助理教授,同时兼任迈阿密大学眼科系及Bascom Palmer Eye Institute 助理教授,从事视觉光学、眼科生物物理和激光医学的基础理论及应用研究;1995年后进入美国加州大学尔湾分校的Beckman Laser Institute及眼科系任职副教授,从事眼科生物物理及激光医学方面的研究。任秋实博士在视觉光学和激光医学的基础理论及应用方面在SCI收录的杂志上发表了50多篇学术论文,单篇论文SCI引文库最高引用45次,于1993,1994,1995先后三年担任SPIE/眼科技术分会的会议主席,先后研制开发了多个眼科医用激光产品,获得2项美国专利。2005年3月成功组织举办了由国家自然科学基金委员会中德科学基金研究交流中心和上海市科学技术委员会资助的《首届中德眼科与视觉光学研讨会》。

任秋实博士主要从事视觉光学、激光医学的基础理论及应用开发方面的研究。围绕着视觉光学及视觉信息处理若干前沿关键问题进行深入系统研究,提出了视觉修复及视力矫正的新方法。对激光与生物组织相互作用的基理及应用,阐明了利用激光技术作为物理手段对皮肤胶原组织重组与再生的调控机制。目前,作为首席科学家承担了国家"973"项目:"视觉修复基础理论与关键科学问题"的研究,并负责上海交大神经医学工程研究大平台的建设,同时作为项目负责人承担了国家杰出青年科学基金、国家自然科学基金面上项目、上海市科委重大科技项目及光科技专项等8个项目。 【主要研究方向】智能化人工器官、眼科学与视觉光学、激光与生物组织相互作用、激光微创外科手术、智能化数字医疗设备
代表性论著
null
 
魏冬青

导师姓名

魏冬青
研究方向 生物信息学;生物物理学
联系方式
通讯地址:东川路800号生命学院
邮政编码:200240
联系电话:021-34204573
Email:dqwei@sjtu.edu.cn
个人简介
  现任上海交通大学生物信息与生物统计系教授,博士生导师,副主任。Springer期刊“Interdisciplinary Sciences – Computational Life Sciences”主编,“J. Atomic and Molecular Physics” Managing Editor, “Molecular Simulation”等八家杂志编委。

主要从事两个方向的研究:生物信息学和计算物理学
1,生物信息学:开发了分子模拟与计算机辅助药物设计软件SAMM,构建了小分子数据库(300万), 中药有效成分数据库, 药物靶标数据库,以及细胞色素P450酶多态性基因型-表型相关性数据库。把支持向量机和神经网络等非线性方法开发了统计预测模型以及基于web的软件工具并应用到药物构效关系,药物代谢动力学和基因表型相关性的研究中。利用同源建模的方法预测出了多个蛋白质的3D结构,丰富并完善了由序列到结构的结构生物信息学方法。系统开展了重要膜蛋白(Alpha7, PLN, M2 of Influenza A and B),DNA-蛋白体系(Sox2-Oct1-Hoxb1),以及重要工业用酶(脂肪酶T1 lipase) 的分子动力学模拟研究,提出了DNA转录的Tethered-Hopping 模型,和药物小分子调控离子通道开关以及脂肪酶高温活性的分子机制。以蛋白(靶标)结构为基础开展了药效团/数据库搜索,对接,分子与蛋白相互作用和分子动力学模拟等系列工作。将现代计算机药物设计方法和中药有效成分等数据库应用到药物设计和分子优化的实践中,病毒(SARS,HIV,H5N1, H1N1)和老年痴呆等疾病的药物设计。在抗SARS药物研究中取得了较为突出成绩, 完成了一种抗SARS八肽的设计,合成和生物活性评估。实验证明八肽制剂对病毒有一定的抑制作用,作用强弱与剂量有一定的相关性,其半数有效浓度(EC50)值为:2.7×10-5 mg/ml,比其他药物小2个数量级,可以作为药物先导化合物(魏冬青等“一种抑制冠状病毒的多肽及其衍生物”, 专利号:ZL2004 1 0018679.3)。发现了花椒有效成分gx-50对人类老年痴呆受体α7有抑制作用,经过大量的实验验证,有可能成为先导化合物。对CYP450酶进行了系列研究,从不同人的基因多态性出发,研究酶对药物代谢动力学的规律,对个性化用药和药物设计进行了初步探索。被Current Medicinal Chemistry, Current Topics on Medicinal Chemistry , Pharmacogomics 邀请撰写评述文章。参与哈佛,MIT联用研究生教材的一个章节(“Automation in Genomics and Proteomics: An Engineering Case-Based Approach”)。

2.计算物理学:最近取得突破进展,采用量子分子动力学的方法模拟了固体硝基甲烷爆炸的全过程,从而理论上全面了解其爆炸反方应的机理。人类使用炸药已有千年的历史,但至今爆炸机理仍不清楚。所以这是该领域的里程碑式的成果,论文发表在物理学最顶级的杂志Phys. Rev. Letter之上。最主要的学术成绩是首次从理论上证明了铁电液晶的存在,论文发表在《物理学评论快讯》以及《物理学评论》上,并被广泛引用(400多次)。它解决了统计物理上长期困扰的问题,这个问题是1916年由玻恩(Max Born)提出来的,即偶极相互作用可能形成方向有序的液体状态。他使人们认识到这个简单的体系包涵复杂的相结构和有趣的物理现象。同时这一发现开拓了液晶研究的新领域,即研究近球状分子形成的铁电液晶,著名的物理学家M. E. van Leeuwen and B. Smit指出( Phys. Rev. Lett. 71, 3991-3994 (1993))魏和Patey关于软球的分子动力学模拟代表了最重要的贡献, 它证明了偶极相互作用力单独可以生成方向有序的液体状态,在高密度时变成铁电固体,也是首次证明了向列铁电液体的存在。用CMPD量子分子动力学的方法系统地研究了诸多典型炸药的结构,力学和热力学性质,以及固体项变,为新炸药的研制提供理论依据。最近取得突破进展,采用量子分子动力学的方法模拟了固体硝基甲烷爆炸的全过程,从而理论上全面了解了爆炸反方应的机理。人类使用炸药已有千年的历史,但至今爆炸机理仍不清楚。所以这是该领域的里程碑式的成果,论文发表在Phys. Rev. Letter之上。 

主持国家863项目:“药物代谢酶SNPs与药物的类药性一体化预测软件的研究与开发”, 两个国家自然科学基金项目, 完成5个国家自然科学基金项目以及2个省部级重点项目。 作为大会主席主持召开2008年理论与计算化学国际会议(TACC 2008),第二届IEEE生物信息学及生物医学工程大会( Bioinformatics and Biomedical Engineering Conferences, 2009), 以及2009和2010年计算与系统生物学国际会议( International Conference on Computational and System Biology)。  

至今发表SCI文章100多篇, 主编专著3本,12篇邀请评述文章,参与13篇专著的有关章节编写。这些工作为国际同行所广泛引用和正面评述,经SCI检索,经SCI检索,已累积引用 超过2742次,最高单篇他引约200次,100次以上4篇, 70次以上11篇, 50次以上19篇,  共有31篇引用31次以上的文章,故H因子约为31。 是国内同行中引用较高的学者之一。
代表性论著
引用较高的论文
*Cited 197 times, IF: 7.18 - D.Q. Wei and G.N. Patey, “Orientational Order in Simple Dipolar Liquids: Computer Simulation of a Ferroelectric Nematic Phase”, Phys. Rev. Letter, 68, 2043,(1992).

*Cited 185 times, IF: 2.65 - K. C. Chou, D. Q. Wei, and W.Z. Zhong, “Binding Mechanism of Coronavirus Main Proteinase With Ligands and its Implication to Drug Design Against SARS”, Biochemical and Biophysical Research Communications, 308, 148(2003).

*Cited 118 times, IF: 3.15 - D.Q. Wei and D.R. Salahub, “Hydrated Proton Clusters and Solvent Effects on the Proton Transfer Barrier: a Density Functional Study”, J. Chem. Phys., 101, 7633(1994).

*Cited 116 times, IF: 2.91 - D.Q. Wei and G.N. Patey, “Ferroelectric Liquid Crystal and Solid Phases Formed by Strongly Interacting Dipolar Spheres”, Phys. Rev., A,  46, 7783, (1992).

*Cited 89 times, IF: 3.15 -  D.Q. Wei, D.R. Salahub, “Hydrated Proton Clusters: Ab Initio Molecular Dynamics and Simulated Annealing”, J. Chem. Phys.,  106, 6086(1997).  

最近的论文:
IF: 7.33-Jing Chang, Peng Lian, Dong-Qing Wei*, Xiang-Rong Chen, Zizheng Gong and Qingming Zhang, Thermal decomposition of the solid phase of nitromethane: Ab initio molecular dynamics simulations, Phys. Rev. Lett. 105, 188302 (2010).

IF:4.351 - Peng Lian, Dong-Qing Wei*, Jing-Fang Wang*, Kuo-Chen Chou,  “An Allosteric Mechanism Inferred from Molecular Dynamics Simulations on Phospholamban Pentamer in Lipid Membranes”, PLoS ONE ,  6,  e18587(2011).

IF:3.23. H.R. Arias, Ruo-Xu Gu, Dominik Feuerbach, Bao-Bao Guo, Yong Ye, and D.Q. Wei*, “Novel Positive Allosteric Modulators of the Human α7 Nicotinic  Acetylcholine Receptor”, Biochemistry, PMID:21510634.
 
IF: 3.55- Jing-Fang Wang and Dong-Qing, Wei*, “Role of Structural Bioinformatics and TCM databases in Pharmacogenomics”, Pharmacogenomics, 10,  1213-1215(2009)(Editorial)

IF: 4.82 - Jing-Fang Wang, Cheng-Cheng Zhang, , Jing-Yi Yan, Kuo-Chen Chou, Dong-Qing Wei* , “Structure of cytochrome P450s and personalized drug”, Current Medicinal Chem,  16, 232-244(2009)(Invited review)
专著
Dong-Qing Wei, Xijun Wang(editors), Theory and Application of Computational Chemistry, AIP Conference Proceedings Volume 1102, American Institute of Physics Press, 2009. ISBN: 978-0-7354-0637-7.

Limin Angela Liu (Editor), Dongqing Wei (Editor), Interdisciplinary Research and Applications in Bioinformatics, Computational Biology, and Environmental Sciences (Hardcover), ISBN:1609600649, 2010.

Limin Angela Liu, Dong-Qing Wei, Yixue Li and Huimin Lei, “Handbook of Research on Computational and Systems Biology: Interdisciplinary Applications”, ISBN: 9781609604912, IGI Global, 2011. 

Rong-Xiu Li, Dong-Qing Wei and Yan Feng, “The Protein Structure Simulation and Design”, Chinese Chemical Industrial,  2011, ISBN:9787122101839.
 
徐学敏

导师姓名

徐学敏
研究方向 生物传热传质学;肿瘤热物理治疗
联系方式
通讯地址:东川路800号生命科学技术学院
邮政编码:200240
联系电话:021-34204876
Email:lisaxu@sjtu.edu.cn
个人简介
徐学敏:博士(1991年,美国依利诺大学)、长江特聘教授(2002年)、博士生导师。
    主要从事生物热效应及其在医学方面的应用研究。在热传导机理与荧光分析技术方面完成了许多国际领先的工作。建立了基于生物热和物质输运理论的计算方法, 依据此方法对生物体中三维空间的温度场分布进行了准确预测,与在体条件下的测量数据进行比较,热模拟和活体试验结果得到很好的吻合。这为包括癌症热疗,热成像等的优化工作提供了有力的依据。以上工作获得了美国国家癌症研究所及美国国家自然基金会的支持。作为项目首席负责人已经获得科技部科技部重大基础研究前期研究专项(973预研)、国家重大科技专项“创新药物和中药现代化(863专项)以及上海市科委纳米专项的基金支持。
    在国外重要期刊和会议发表论文60余篇,并参与了两本书的编写工作。获得过多项研究、论文及突出成就奖。曾多次作为分会主席主持热传导国际会议,并被邀在多个学术机构做专题学术报告。还被特邀为田长霖教授主编的国际热传导年度综述纂写过有关生物热传导的专述章节。现任美国机械工程学会生物技术热传导委员会的联合主席。从1991年起多次参与组织过美国机械工程学会年会,美国生物医学学会年会,及1998年国际生物传热研讨会。
代表性论著
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赵俊

导师姓名

赵俊
研究方向 医学成像及图像处理;同步辐射成像
联系方式
通讯地址:东川路800号生命学院
邮政编码:200240
联系电话:021-34204479
Email:junzhao@sjtu.edu.cn
个人简介
上海交通大学生物医学工程系副主任,生物医学成像及图像处理实验室主任,Med-X研究院辐射成像实验室主任、美国Virginia Tech大学CT实验室副主任,教授,博士生导师。中国生物医学工程学会生物信息与控制分会委员、中国医学影像研究会理事、上海市生物医学工程学会理事、上海市生物医学工程学会生物医学信息专业委员会副主任、国家自然科学基金项目评审专家、教育部博士点基金评审专家、上海市科委项目后评估特邀专家小组组长。Medical Physics、International Journal of Biomedical Imaging、International Journal of Imaging编委。IEEE Transactions on Medical Imaging、Medical Physics等期刊审稿人。多个国际会议程序委员会或组织委员会成员。2006年至2007年,美国University of Iowa放射系、电气及计算机工程系访问学者。现为国家精品课程“生物医学图像处理”主讲。2004年获上海市教学成果一等奖。2005年、2008年获上海交通大学优秀教师奖 。长期从事图像重建、医学图象处理及计算机在生物医学中的应用等研究,曾主持国家自然基金项目“基于多源多螺旋锥形束Micro-CT 快速精确成像理论”(30570511)、国家自然基金项目“基于马鞍线轨迹的多源锥形束心脏CT重建方法研究”(30770589)、国家863目标导向型项目“虚拟外翻可视化关键技术及在胃肠道肿瘤诊断中的应用”(2007AA02Z452)、GE公司项目“尘肺病筛查的计算机辅助诊断”、横向课题:“人脸识别系统”等,作为主要研究人员参加了国家自然科学基金项目(60272081)“基于语义和内容的医学图像检索理论的研究”、(69072906)“实时多准则图像重建系统的研究与开发”、美国NIH项目:Bolus chasing CT angiography using adaptive control techniques,  (EB004287-01)、上海市科技发展基金项目(014419083)“立体CT研究”(研究基于倒置式结构的直接CT成像)、上海市纳米专项(0452nm007)“DNA分子手术系统的研制”、GE公司项目“尘肺病筛查的计算机辅助诊断”。在IEEE Transactions on Medical Imaging、Phys. Med. Biol.、Medical Physics等期刊和会议上发表论文70余篇,SCI\EI收录30余篇,授权发明专利17项,申请美国专利1项。指导的学生多人次获IBM Cell/B.E挑战赛欧亚赛区冠军、国家优秀奖学金、赵朱木兰奖学金等专项奖学金、上海市优秀毕业生等荣誉,有赴欧美继续深造的,也有进入西门子、GE、飞利普、NI、复星投资、上海医疗器械检测所等单位的。欢迎生物医学工程、数学、物理、电子工程、计算机等专业的优秀学生报读。
代表性论著
null
来源:上海交通大学
作者:52考博
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